22 Aralık 1918 tarihinde Hürriyet ve İtilaf Fırkası ve Kürdistan Teali Cemiyeti arasında anlaşma imzalandı. Bu anlaşmayı cemiyet adına başkan Seyyit Abdülkadir, üyelerinden Sait ve Mehmet Ali, Hürriyet ve İtilaf fırkası adına ise Zeynelabidin (Konya Mebusu), Vasıf (Karesi mebusu), ve Mustafa Sabri Efendi imzaladılar. Anlaşamaya gereğince Kürt nüfusunun daha yoğun olduğu bölgelerde İslam Halifeliğine ve Osmanlı saltananatına bağlı kalmaları kaydıyla özerk bir yönetim şekli tanınacaktı.

Seyyit Abdülkadir'in başkanı olduğu derneği, kuruluş beyannamesinden farklı olarak siyasi amaçlarla kullanması, özerklik ve bağımsızlık ile ilgili görüşmeler yapması, İstanbul Hükümetini rahatsız etti. 18 Haziran 1919 tarihli kabine toplantısında Kürdistan Teali Cemiyeti'nin siyasetle uğraşmaması konusunda görüşüldü. Seyyit Abdülkadir'in bağımsız Kürdistan kurmak amacıyla İngilizlerle yaptığı görüşmeler İstanbul Hükümetince izleniyordu. Bunun üzerine Cemiyet ileri gelenleri 10 Temmuz 1919 Tarihinde Babıâli'ye çağrılarak siyasetle uğraşmamaları, yabancı devlet temsilcileri ile görüşmemeleri ve bağımsızlık için çalışmalar yapmamaları konularında ihtar edildi. Bu toplantıda Abdülkadir Efendi adına konuşan Mevlanzade Rıfat'ın sözleri gerginliğe sebep oldu. Mevlanzade Rıfat'ın, Wilson Prensiplerine göre bağımsız Kürdistan taleplerine karşı çıkılamayacağını, Kürtlere özgürlük ve güvenlik sağlayacak tek devletin de İngiltere olduğunu, Türk Hükümetinin (İstanbul Hükümeti) önce kendi başının çaresine bakmasını söylemesi üzerine Ahmet Abuk Paşa yerinden fırlayarak hiç kimseye bir karış toprak verilemeyeceğini söyledi.

Sivas Kongresinin basılması

Sivas Kongresi'nin dağatılması ve Mustafa Kemal Paşa'nın ortadan kaldırılması girişimine Cemiyet'in karıştığına dair kanıtlar yayınlanmıştır.

8 Haziran 1919 tarihinde Diyarbakır Vali Vekili Mustafa Bey, 9. Ordu Müfettişi Mustafa Kemal Paşa'ya telgraf çeker. Telgrafında bazı gençlerden oluşan Kürt Cemiyeti'nin İngiliz koruyuculuğunda bir Kürdistan kurma düşüncelerini yanlarında bulunan Süleymaniye siyasî hâkimi (İngiliz subay) Mister Noel ile birlikte propaganda etmeleri üzerine halk arasında tepkiler oluştuğunu, bu durumun cemiyetler kanununa aykırı bulunduğunu ve cemiyetin kapatılarak haklarında yasal kovuşturma başlatıldığını yazar.

15 Haziran 1919 tarihinde 9. Ordu Müfettişi Müstafa Kemal Paşa, bu telgrafa bir şifreli telgrafla cevap verir. Bütün milletin bekası ve bağımsızlığını kurtarmak için herkesin birleştiği bir dönemde yabancı bir devletin koruyuculuğua sığınarak horlanmış ve tutsak yaşamayı seçen her türlü görüşlerin, ülkeyi bölücülüğe götürecek her türlü derneklerin dağatılmasının pek yurtseverce ve zorunlu bir görev olduğunu yazar ve Kürt cemiyeti hakkındaki davranışın isabetli bulduğunu belirtir.